Академический институт в г. Биробиджане был создан благодаря продолжительным совместным усилиям руководства Еврейской автономной области и Президиума ДВО АН СССР.
1 марта 1990 года президент Академии наук СССР академик Г.И. Марчук подписывает постановление № 423, принятое Президиумом АН СССР, об организации «Института региональных системных исследований». Директором-организатором нового Института назначается д.э.н. П.А. Минакир, создавший на Дальнем Востоке авторитетную научную школу регионального экономического развития.